Sejarah diaspora Pakistan di Indonesia berakar pada era pra-kolonial. Hubungan antara wilayah yang sekarang dikenal sebagai Pakistan dan Indonesia berkembang melalui berbagai tahap yang dipengaruhi oleh perdagangan, migrasi, dan kebijakan kolonial.
Interaksi awal sebelum masa kolonial belanda, Indonesia dan Pakistan terhubung dalam jaringan perdagangan rempah-rempah, tekstil dan produk lainnya di Samudra Hindia. Interaksi awal ini yang kemudian menjadi dasar diawalinya pertukaran budaya dan agama di antara keduanya.
Di era Indonesia masa kolonial Belanda, dan kolonial Inggris di India yang mencakup wilayah Pakistan, banyak orang India bermigrasi ke berbagai bagian Asia Tenggara termasuk Hindia Belanda (Indonesia). Mereka mencari peluang perdagangan dan pekerjaan. Banyak dari migran ini adalah Muslim dari wilayah Punjab dan Sindh, yang sekarang menjadi bagian dari Pakistan. Pasca pemisahan India dan Pakistan di 1947, orang Pakistan terus bermigrasi, menetap dan berdiaspora di Indonesia sampai hari ini. Diaspora Pakistan tersebar di beberapa daerah di Indonesia seperti Jakarta, Solo, Medan, dan Tasikmalaya. Walaupun jumlahnya relatif kecil, mereka membangun komunitas diaspora yang terus mempertahankan identitas, praktik budaya dan agama mereka. Mereka mendirikan komunitas, pusat budaya, masjid sebagai ruang untuk berinteraksi dengan masyarakat lokal.
